Eduard Profittlich nació el 11 de septiembre de 1890 en Birresdorf, Alemania, en el seno de una familia numerosa de agricultores. Tras completar sus estudios clásicos, en 1912 ingresó en el seminario de Tréveris, pero al año siguiente, atraído por la espiritualidad de la Compañía de Jesús, consiguió ser admitido en el noviciado de los jesuitas en Heerenberg, Holanda. Al estallar la Primera Guerra Mundial, fue llamado a filas en el ejército alemán y destinado al servicio sanitario. Una vez terminada la guerra, reanudó sus estudios de Filosofía y Teología y fue ordenado sacerdote el 27 de agosto de 1922. Enviado a Polonia, obtuvo el doctorado en Filosofía y Teología en el centro de estudios de los jesuitas de Cracovia. Posteriormente fue enviado a Estonia en el marco de la Misión Oriental de la Compañía de Jesús y se le confió el cuidado pastoral de la parroquia de los Santos Apóstoles Pedro y Pablo de Tallin.

El 11 de mayo de 1931, Pío XI lo nombró Administrador Apostólico de Estonia. En su actividad ministerial se dedicó a la reconstitución de la comunidad católica local, que en aquella época era muy reducida. Preparó un plan pastoral, mejoró la formación del clero local, instituyó nuevas parroquias e invitó a presbíteros y religiosos de Polonia y Checoslovaquia a realizar actividades evangelizadoras en Estonia para apoyar el desarrollo de la comunidad cristiana local. En noviembre de 1936, Pío XI lo nombró arzobispo, asignándole la sede titular de Adrianópolis, y en diciembre del mismo año recibió la consagración.

Tras la invasión soviética de Estonia el 17 de junio de 1940, casi todos los sacerdotes fueron arrestados. Él, que podría haber regresado a su patria, decidió quedarse en Estonia con sus fieles. El 27 de junio de 1941 fue arrestado y deportado a Kirov, en Rusia, donde fue sometido a múltiples torturas, a las que respondió declarando que su única misión había sido la formación religiosa de los fieles que le habían sido confiados. Condenado a muerte, murió antes de que se ejecutara la sentencia, a causa de los sufrimientos de la cárcel, el 22 de febrero de 1942.

Su martirio no fue conocido sino muchos años después de su trágica muerte, tras la caída del régimen soviético. En la prisión a la que fue conducido en 1941, su salud se debilitó debido a las penurias y las duras condiciones de vida.

No hay duda acerca del martirio, ya que su detención fue causada por el carácter marcadamente antirreligioso del régimen comunista, como se desprende claramente de los interrogatorios a los que fue sometido. El odium fidei fue, por tanto, el motivo principal del asesinato.

Y en cuanto a su disposición personal al martirio, era consciente de los peligros que corría al permanecer en Estonia, también debido a su origen alemán. En una carta dirigida a sus familiares el 8 de febrero de 1941, declaraba su firme decisión de afrontar los acontecimientos y ofrecer a Cristo su libertad y su vida. En la carta dirigida al secretario de Estado del Vaticano, cardenal Luigi Maglione, afirmó que confiaba su destino a Dios, convencido de tenerlo siempre a su lado. De las actas de los interrogatorios a los que fue sometido se desprende claramente su fe y su postura sobre la dignidad del hombre y su libertad, en claro contraste con la ideología comunista.

La figura de Eduard Profittlich es muy conocida en Estonia y su veneración está muy extendida. Además, hay testimonios de gracias recibidas por su intercesión.