San Virgilio nació en Gascuña, pero se educó en el monasterio de San Honorato, en una de las dos islas que se hallan a tres kilómetros de Cannes, tan conocidas por los turistas de la Costa Azul. Según su biógrafo, que es nuestra principal fuente -aunque vivió varios siglos después de los hechos y tiende a inventar todo lo que pueda glorificar el santo-, Virgilio fue monje y abad del monasterio de San Honorato. Una noche estaba el santo paseándose en la playa cuando vio un extraño navío cerca de la costa; sobre la cubierta, trabajaban algunos marinos, quienes desembarcaron y vinieron al encuentro de Virgilio. Le saludaron por su nombre, le dijeron que su fama había llegado hasta el extranjero y le aseguraron que si les acompañaba a Jerusalén, haría mucho bien a los cristianos y alcanzaría un alto grado de perfección. Pero Virgilio no se dejó engañar y, haciendo la señal de la cruz, replicó: «Las mañas del enemigo no pueden engañar a los soldados de Cristo y vosotros sois totalmente impotentes contra los protegidos de Dios, porque la oración ha arrojado al dragón de la Isla de San Honorato y el demonio no tiene en ella ningún poder para hacer mal». En cuanto el santo acabó de pronunciar estas palabras, el navío y los marineros desaparecieron.

El nombre de san Virgilio no figura en la lista de los abades de Lérins; en algunas crónicas figura como un monje de Lérins que más tarde llegó a ser abad del monasterio de San Sinforiano de Autún. Lo que sí se tiene por seguro es que san Virgilio era monje antes de ser nombrado obispo de Arles y que recibió el palio de manos del Papa Gregorio I, quien le nombró vicario apostólico ante el rey Childeberto II. El Venerable Beda menciona a san Virgilio a propósito de la misión de san Agustín de Canterbury en Inglaterra. Según parece, san Virgilio lo consagró por orden del Papa Gregorio. San Virgilio gobernó su diócesis con gran vigor; su celo lo llevó demasiado lejos en una ocasión, pues san Gregorio le reprendió por haber intentado convertir, por la fuerza, a los judíos de su arquidiócesis y le recomendó que se limitase a orar y predicar.

San Virgilio construyó varias iglesias en Arles. Se cuenta que, durante la construcción de la basílica de San Honorato, los obreros se encontraron un día con que no podían mover las columnas para transportarlas a su sitio. San Virgilio acudió al punto y vio que era el demonio, bajo la forma de un negro muy vigoroso, el que impedía con su peso que los obreros moviesen la columna; pero éstos no le veían. El santo increpó al demonio, que desapareció, dejando una estela pestilente y los obreros pudieron continuar su trabajo. El biógrafo de san Virgilio da otros muchos ejemplos de los milagrosos poderes de su héroe: cuenta que el santo obró numerosas curaciones, resucitó a varios muertos y destruyó a una terrible serpiente que había causado grandes estragos. Sin duda que el pueblo de Arles tenía entera confianza en la protección de su arzobispo, persuadido de que mientras los restos del santo permaneciesen en la ciudad, ésta vencería a todos sus enemigos. San Virgilio fue sepultado en la iglesia de San Salvador, que él mismo había construido.

La biografía legendaria de san Virgilio se halla en Acta Sanctorum, marzo, vol. I. Ver también Duchesne, Fastes Episcopaux, vol. I, pp. 259-260.